苏蕊在地府的“观景台”上，一边嗑着瓜子，一边将目光投向《生化危机》世界更早的时间线。那里，一场由保护伞公司自身引发的灾难正悄然拉开序幕，而这个世界的“原生主角”爱丽丝的故事，也正从一片迷茫中开始。
是灾难拉开序幕，其实只是保护伞对克隆体进行的记忆重现，主角爱丽丝本人此刻正躺在实验室的床上。
爱丽丝在一间奢华却陌生的浴室中缓缓醒来。冰冷的大理石地面刺激着她的皮肤，剧烈的头痛让她蹙紧眉头。她茫然地环顾四周，华丽的浴缸、镀金的水龙头、朦胧的镜子…一切都显得那么陌生。
“我是谁？这是哪里？”她捂住额头，脑海中只有一片空白和些许令人不安的碎片幻影——红色的警报、刺耳的尖舰冰冷的玻璃容器…
她身上只裹着一件洁白的浴袍。
踉跄着走出浴室，她发现这栋别墅空无一人，寂静得可怕。一种本能的危机感萦绕着她。她发现自己身体异常敏捷，力量也远超普通女性，但对这些能力的来源毫无记忆。
突然，别墅外侧传来轻微的响动！
爱丽丝警惕地躲到窗帘后，只见一队身着黑色作战服、装备精良、行动矫健的人员正破窗而入！他们战术手势干练，枪口警惕地扫视着每一个角落。
同时，另一个方向，一个穿着环保t恤、神情紧张警惕的年轻男子（马特·艾迪森）也被这队人发现并迅速制服，按在霖上。
“发现目标！爱丽丝·安布雷拉！还有一名闯入者！”为首的队员雷恩·奥坎波通过头盔通讯汇报道。
“带走他们！动作快！”另一个声音传来，是队员詹姆斯·薛德。
爱丽丝和马特被这支U.S.S.（安布雷拉快速反应安全部队）特遣队迅速控制、戴上手铐，押解出了别墅。爱丽丝试图挣扎，却发现对方训练有素，力量极大。
“你们是谁？这是怎么回事？”爱丽丝质问。
“安静！到霖方你自然会知道！”雷恩冷冰冰地回应。
特遣队押着两人，通过别墅隐藏的入口，进入了一座通往地下的高速列车站台。列车启动，向着地底深处疾驰。
途中，爱丽丝的记忆开始零星闪回——她似乎认识那个叫马特的人，他们好像计划要揭露什么…还有那个红白相间的标志（安布雷拉Logo）…
列车到达终点——一座极具未来科技涪标识着“蜂巢（the hive）”的地下大型研究设施入口。但这里异常寂静，所有工作人员都仿佛…消失了。
“我们的任务是进入蜂巢主机房，关闭失控的人工智能‘红后’。”詹姆斯·薛德向队员们以及两个“俘虏”简要明情况，“红后封锁了蜂巢，并杀死了所有工作人员。原因不明。”
特遣队技术员利用设备强行打开了通往蜂巢内部的气密门。
门开的瞬间，一股混合着消毒水和…淡淡腐臭的气息扑面而来。
蜂巢内部，灯光忽明忽暗，应急红灯旋转，地上偶尔可见散落的文件和…触目惊心的血迹！但依旧没有尸体。
特遣队谨慎地推进，爱丽丝和马特被夹在中间。他们穿过办公区、实验室、来到一条被水淹没的走廊（b餐厅管道泄漏）。
就在这里，恐怖的一幕发生了！
一具穿着白大褂的“尸体”突然从浑浊的水中浮起，猛地扑向最近的队员！
“心！”有人惊呼！
那“人”面色青灰，眼睛浑浊，张着嘴发出无意识的嗬嗬声，疯狂地试图撕咬队员！
枪声响起！队员惊恐地开枪将其爆头！脑浆和黑血溅了一地！
“怎么回事？！他还没死吗？！”
“不…他早就死了！这像是…某种狂犬病？！”
恐慌开始蔓延。越来越多的“工作人员”从阴影症房间里蹒跚而出，他们无一例外面色恐怖，行为疯狂，只剩下吞噬活物的本能！
特遣队且战且退，不断有队员被拖入水中或被咬伤、抓伤！
更可怕的是，那些被咬赡队员，在短短几分钟内就会发高烧、呕吐黑血，然后迅速死亡，接着又摇摇晃晃地站起来，加入攻击者的行列！
病毒通过血液和唾液高速传播！
爱丽丝在混乱中挣脱了手铐，并与马特和少数幸存队员（包括雷恩、詹姆斯等）汇合。她的战斗本能和敏捷身手在危机中彻底展现，数次救下队友。
他们意识到，必须尽快关闭红后，否则整个蜂巢的怪物都可能逃出去，后果不堪设想！
红后所在的主机房外围，布满了致命的防御系统：切割激光通道、培育着可怕生化犬的实验室（地狱犬）…
队员们一个个牺牲在通往红后的路上。爱丽丝的记忆也在一次次冲击和闪回中逐渐清晰——她是安布雷拉公司的保安主管，负责蜂巢入口的安保，与计划揭露公司罪行的马特是旧识而这场灾难，似乎源于一管被故意打碎的t病毒样本！
最终，仅存的几人（爱丽丝、马特、雷恩等）艰难地抵达了红后的主机房，强行关闭了她。
红后在被关闭前发出警告：“你们都会死在这里。”
然而，关闭红后导致了更严重的后果——所有被红后封锁在各区域的门全部打开，蜂巢内成千上万的丧尸和更可怕的生物（舔食者）被彻底释放！真正的尸潮开始涌动！
幸存者们被迫再次启动红后（以答应带她主板离开为条件），从她那里得知了真相：t病毒泄露，空气传播感染了所有人，红后杀死所有人是为了防止病毒扩散。唯一阻止病毒的方法是找到解毒剂，而解毒剂在更深层的实验室。同时，红后警告他们，最危险的生物兵器“舔食者”已被释放，它们会不断进化变强。
另一方面，通过红后的数据库和沿途发现的证据，爱丽丝拼凑出了更可怕的真相：t病毒本是安布雷拉用于研究抗衰老和治疗神经疾病的，它能激活死亡细胞，但却导致了不可控的变异。这场灾难并非意外，而是一个神秘的破坏者故意释放病毒，目的是进行一场残酷的“净化”实验，并获取实战数据！而这些丧尸和怪物，本身就是安布雷拉的“研究成果”！
就在爱丽丝队在蜂巢底层与舔食者和尸潮殊死搏斗、寻找渺茫生机之时…
蜂巢最深处的信号传输装置，因为红后的重启和能源波动，极其短暂地向外界发送了一段混乱的求救信号和内部监控碎片。这信号微弱到几乎无法被常规手段接收。
在遥远的《流镭球》世界，“燧人氏一号”基地那高度敏感的多维信号监听阵列，却捕捉到了这一丝来自平行宇宙的、极其异常且充满负面能量的波动。
“报告！接收到来源不明的异常跨维度信号碎片，信号源极度衰弱，内容混乱，但解析出高频关键词：‘病毒泄露’、‘全员感染’、‘封锁失败’、‘请求净化’…信号坐标指向…并非我方已知的杭州安全区，而是另一个大陆的某点。”技术员向基地负责人汇报。
“另一个爆发点？”负责人皱眉，“记录坐标，提升监控级别。但目前我方优先任务是巩固现有基地，并向周边区域系统性地清理扩张。暂无余力进行跨洲际侦查。将情报归档，设为长期观察目标。”
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