在河南、湖广等地官军与义军激战正酣时，东南沿海地区也在一步步酝酿着巨大的变革。
熊文灿自去年六月巡抚福建后就着手全力整治福建水师，并不断接触郑芝龙尝试招安，促进福建沿海的和平稳定。
十一月时，熊明遇顶替熊文灿巡抚福建，熊文灿迁为福建总兵、提督水师。此时，郑芝龙已经接受了朝廷的招安，跟随熊文灿乘船北上去往京师面圣。
十二月，熊文灿和郑芝龙到达京师秘密面见了朱由校，朱由校在御书房面授机宜，畅聊一日后，俩人又秘密离京，返回福建。
郑芝龙返回金门老巢，召集部下商议，到会的全都是自己的家人和最为信任的下属，分别为郑芝虎、郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤、施大瑄、洪旭和甘辉。
郑芝龙拿出皇帝圣旨和海防游击的印信，告知众人：“圣上已册封我为从三品南安伯，任命我为南海水师指挥使。你们七个是我最亲近、最信任的兄弟和家人，如果愿意，我也会为你们向圣上请封职位。”
顿了顿，继续道：“我不想为难你们，如果你们不想效忠大明朝廷，大可现在就带着船只和部下离开，我决不拦着，但以后再见面你我就再也不是家人兄弟了。”
完就喝起了茶，不再言语。
郑芝虎愣了一会儿，不理会还在震惊之中的众人，道：“我十四岁就随大哥漂泊在外，无论大哥做什么，我都听大哥的！”
言罢，郑芝虎就站到郑芝龙身边，郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤三人也随之。
施大瑄笑道：“我一直以来跟随大哥走南闯北，自然是大哥去哪我去哪，现在还能在朝廷混个一官半职，何乐而不为呢？”
施大瑄完后，洪旭和甘辉也是同样的态度。
“哈哈哈……好！不愧是我郑芝龙的兄弟！以后我们兄弟八人同生死，共进退！”
郑芝凤提出问道：“那其余十八芝的兄弟怎么办呢？”
郑芝龙叹了口气道：“你们也清楚，十八芝名义上以我为主，但平时他们各干各的，我也管不了他们。后面我会通告他们的，愿意效忠朝廷的我也会为他们求得一官半职。但我怕他们有什么别的心思，所以我们几人先做好准备，以防万一。”
启九年二月一日，皇帝正式颁布圣旨：
册封郑芝龙为从三品南安伯，设立“南海水师指挥使司”，任命郑芝龙为南海水师指挥使，郑芝虎为南海水师指挥同知，郑芝凤为南海水师指挥佥事，郑芝豹、郑芝莞、施大瑄、洪旭、甘辉为游击；
开放福建沿海多个海港，设立福建海关，征收海商赋税，允许百姓凭证出海通商；
并命郑芝龙“剪除夷寇、剿平诸盗”，整顿海商，招抚或剿灭海盗。
随即，郑芝龙给十八芝其余人分别去信告知投效朝廷一事。不久之后，十八芝就分裂开来，主要是以郑芝龙为首的“一官派”和以刘香为首的“刘香派”。
特别是在台湾岛上屯垦的各部。杨生和陈衷纪都是愿意追随郑芝龙，同在岛上的何斌和郭怀一既不愿意投效朝廷，也不愿意跟着刘香，就选择投靠到荷兰人那边求得安身。
前首领李旦之子李国助不愿看到兄弟相残，凭着父亲的余威和声望，也聚集了一批愿意追随他的人，便带着人驾船离去，到琉球、日本一带寻生计去了。
刘香极为痛恨官府，拒绝投降朝廷，带着杨六、杨七、钟斌、李魁奇直接与郑芝龙决裂。
南居仁、南居益、南居业于启九年正月全部上任后。南居业在南京工部调集资源，南居仁统筹浙江地区的人力物力，开始集中力量于舟山岛建设水寨、港口、造船厂，南居益负责组建“东海水师”。
早在启四年九月，南居益时任福建巡抚，就已经整顿福建水师打败荷兰人，收复了澎湖。当时的福建水师也是颇为精锐，但自从南居益升迁工部侍郎，就又开始逐渐懈怠糜烂。再到启七年，时任福建副总兵的俞咨皋在漳州府诏安县铜山被郑芝龙击败，所部全军覆没，福建水师精锐也损失殆尽。
南居益无奈，只能调集浙江水师、福建水师、南直隶水师进行整顿改编。把报废船只拆除，利用木料修补尚好的船只；成立造船厂、建设大型船坞，建造修补战船；效仿当年戚少保招募浙江沿海居民训练为水手。
三人之中，最头疼的就是南居仁，他是负责后勤调度，人力、资源都好，大明什么都缺，就是不缺人、不缺工匠人才，南方也不缺造船要用的木料。目前最主要的就是缺钱！
之前南居益担任户部左侍郎就已经见识到了太仓的窘迫。然后皇帝在各地改革军政，几次大案中抄家搜刮得来钱财也是流水一样花销。南居益巡抚浙江第一件事就是裁撤冗官冗员、彻查空员空饷，开源节流，节省开支。
到南居仁接手，府库中好不容易积攒的几十万两银子及皇帝从内帑调拨了三百万两，投入到舟山岛基础设施建设和组建水师，也就是扔到水里，只听了个响。
面对如此巨大的花销，普通百姓已经够苦了，不能再从百姓头上搜刮，南居仁抓头挠耳，好不容易想了些法子敛财。
第一是裁撤卫所。目前浙江都司是十六个卫所，在前期南居益已经查空员空饷的基础上，南居仁把已经不满编或缺员严重的卫所裁撤合并；
第二是灵活运用海关税收。
根据朝廷制定、还未正式颁行的《海税法（试行）》，海商关税按照商品货物种类不同，征收最低一成到最高六成的关税。
南居仁设立浙江海关后规定：以最低三千两价格发放出海凭证的船只，税率不变；以五千两价格发放的税率打八折；以一万两发放的打五折；以两万两发放的打三折；一次性交纳五万两的，三年免税。
第三是竞标造船许可。
前期山东已经完成了海关的设立，开始海税的征收，大量士绅地主也凭着雄厚的经济实力投资出海行商。
民间的造船业也逐渐兴旺起来，官府考察有实力、有技术的船工船匠，颁给他们造船许可，征收一定的商税。
浙江这边大把有雄厚资本实力的船工船匠，南居仁便放出限量造船许可，通过竞标来获取。
通过这一系列政策措施南居仁短时间内就筹集到大量资金投入到下一步的建设生产郑
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