朱载坖在西苑处理这些政务的时候，一向都会把皇太孙带在身边听朱载坖怎么处理这些政务，在重臣们走了之后，朱载坖问道：“今日有什么收获啊？”
皇太孙道：“皇爷爷，这桥未能修好，本是工部的事情，为何皇爷爷要帮工部担待？”
这确实是皇太孙所不能理解的，他认为子怎么能够承认错误呢？即便有错，都应该是臣子的错，对于皇太孙的这个想法，朱载坖认为并不能够算错，在某种意义上来，子确实是不能认错的，因为一旦子认错，有可能会挫伤子的威严，这点是必须要考虑到的事情。
但是朱载坖认为首先是否认错和是否改错是两个问题，朝廷的用兵行政，各种决策，不可能每次都正确，这点是毫无疑问的，即便是内阁、皇帝、部院再三讨论的过的事情，在实际执行当中的也可能因为执行的问题出现各种各样的问题，在这种情况下，朝廷就必须马上予以纠正，这点是毫无疑问的。
朱载坖详细的向皇太孙教导自己的经验，子的尊严不能侵犯，这点确实是一个必须要遵守的问题，但是子的尊严并不是靠死不认错的来撑起来的，对于子的判断和决策失误，皇帝一样应该承担责任，不能诿过于下，就像这次的事情，工部和交通总署是按照朱载坖的旨意去执行的，决策是朱载坖本人作出的，工部只不过是执行而已，在这个问题上，工部只要没有贪墨的行为，就不应该承担责任。
既然是朱载坖所作出的决策，出现的问题，就应该由朱载坖承担责任，否则的话，以后谁还为朱载坖实心办事？这点是非常之重要的，驾驭臣子，不能一律以威凌之，朱载坖在之前确实是经常动用庭杖甚至是厂卫来收拾一些臣子，但是庭杖、厂卫主要是针对结党乱政的臣子的，朱载坖最厌恶的是两种人，第一种就是结党乱政，煽惑君上的，这种人只要被朱载坖发现，就肯定会予以严惩，另一种就是贪赃枉法的官员，一样也被朱载坖所严惩。
朱载坖对皇太孙道：“子之威，固然是来自于乾纲独断，但是同样也是要寄托于朝廷的。”
朱载坖仔细的为皇太孙讲解这个问题，皇帝和朝廷之间，是一种很微妙的平衡，一方面权力是有限的，皇权强大，臣权就要相对弱，所以在权力这个问题上自然是存在冲突的，但同时，皇权和臣权也是合作的关系，对于臣子们来，他们的权力合法性是来源于朝廷的，而朝廷的合法性或者正统性又是来源于皇帝的，也就是所谓命，官员们需要用皇帝的所谓命来使得自己的权力合法化，而皇帝则是需要官僚队伍治理国家。
所以皇帝和臣子们的关系是既斗争又合作的，臣权强大的时候，皇帝就得垂拱而治，如孝宗朝的时候就是如此，皇权强大的时候，自然是驭使臣子如牛马，如太祖、成祖朝的时候，在之前的大明朝廷上，臣权和皇权往往是交替发展，此消彼长的，当然皇帝也会利用臣子们群体之间的矛盾，挑动群众斗群众，世宗皇帝就是此中高手，更多的时候，皇帝的智商和精力都是极为有限的，依靠皇帝自己，确实是很难和这些科举卷出来的人精们斗争的，所以皇帝往往都会放狗，也就是利用太监去制衡这些臣子们。
这在大明已经是很寻常的事情了，朱载坖对于君臣关系有不一样的看法，首先和嘉靖一样，朱载坖也善于利用孤臣，同时在臣子们的各个派系之间游刃有余，对于太监，朱载坖虽然比之嘉靖朝放松了，但是对于他们朱载坖整体的管束还是很严的，基本不会让太监掌握过大的权力。
对于君臣关系，朱载坖认为还是要厘清出皇帝和臣子们的权力，同时抓大放，朱载坖为什么要将内阁予以制度化，并且加重内阁的权力，这看似是违背祖制的，因为太祖皇帝是明确禁止有类似宰相的机构或者是职务，而内阁恰恰是具备宰相的很多职能的。
但是朱载坖反而认为，这样是对于祖训的遵守，朱载坖仔细的和皇太孙讲解了，对于皇帝来，整个朝堂之上，主要就是存在着三种矛盾，第一就是君臣矛盾，君臣之间围绕着权力的争夺，自然是极为重要的，第二就是臣僚矛盾，由于是科举选官，所以这个官员们根据出身、籍贯、学术、科名等们自然的分成若干个团体，这些团体之间为了争权夺利，自然是会互相倾轧。
而第三对矛盾就是阁部矛盾，从朝廷的体制上来，内阁是皇帝的近侍幕僚机关，也是大明的决策机关，掌握着决策权力，而部院是具体的行政机关，负责执行，掌握着具体的行政权力，从品级上来，内阁自然是领导着各部院的，但是在实际的政治运作中，内阁和部院不可能这么和谐。
掌握决策权力的内阁自然是希望领导各部院，使得自己成为真正意义上的宰相机关的，但是各部院也不会这么坐以待毙，事实上虽然从正统以来，内阁的权力就不断扩大，但是当遇到强势的部院大臣时，内阁也未必能够完全将之压制，部院和内阁关系，很多时候取决于内阁阁臣和部院大臣的个人能力。
当遇到张璁、夏言、严嵩这样的强势首辅的时候，那部院自然就俯首帖耳，好好当孙子，但是遇到杨博、王国光这样比较强势的部院大臣的时候，内阁也要慎重的听取的部院的意见。
而朱载坖之所以要将内阁予以制度化，就是要明确内阁的权力范围，杜绝出现权相的可能性，内阁作为皇帝和幕僚和决策机关，也是有其权力边界的，一方面朱载坖对内阁加以制度化，使得内阁有了明确的执掌，另一方面也是对于内阁权力的限制。
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